파키스탄은 극단적인 기후를 가지고 있다. 북회귀선이 지나는 자리, 그리고 몬순지역의 서쪽 끝에 자리 잡고 있어서 매우 다양한 기후 조건을 가지고 있다. 산악지역 (주로 북부)은 겨울에는 매우 춥고 (고산지의 경우에는 -30 에서 -40 C까지도 내려간다) 여름에는 선선한 날씨이며, 평야지방은 여름에는 매우 덥고 (+40 C 이상) 겨울에는 조금 추운 정도 (0 C 근처)이다. 해안지방(남부 신드, 발루치스탄의 해안지역)은 연중 비슷하게 덥거나 (+30 C 이상) 따뜻한 날씨(25 C 정도)이다. 해안지방은 온도가 낮아도 습도가 높기 때문에 체감온도는 더 높을 수 있다.

비는 펀잡북부지역과 NWFP지역에는 많이 오는 편이나 남부(신드, 발루치스탄)로 갈수록 비가 오지 않아 일년내내 비가 오지 않는 지역도 많다. 근래에 들어 가뭄이 점점 심해지고 있으며 인더스 강의 물줄기가 사람이 걸어서 건널 수 있을 정도로 감소되기도 한다. 심한 가뭄 때문에 농경용수로 이용하는 운하의 물을 가지고 상류지역 하류지역 (주로 펀잡과 신드) 사이에 갈등이 일어나기도 한다.

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